Parti Keadilan Rakyat

Selepas menyertai Parti Keadilan Rakyat (PKR), beliau telah dipilih menjadi Naib Ketua Cabang Telok Kemang pada 2014 hingga 2018.

Kongres India Malaysia

Muthupalaniappan pernah menjadi Naib Presiden MIC pada 1997 hingga 2000[2][3]. Beliau mula menjadi Ahli Jawatankuasa Kerja Pusat MIC pada 1979.

Keanggotaan Muthu Palaniappan daripada MIC telah digugurkan berkuat kuasa 30 April 2012 selepas menyatakan hasrat menyertai PKR[4].

Pada 24 Januari 2009, beliau pernah dipecat daripada MIC selepas mengumumkan akan mencabar S. Samy Vellu untuk jawatan MIC dalam pemilihan parti yang akan berlangsung pada Mei 2009[5]. Namun, beliau telah mengemukakan rayuan. Dalam pemilihan tersebut, beliau tewas kepada penyandang, S. Samy Vellu[1].